用于大规模代谢组学分析的计算工具包

2024-09-25 10:03来源:本站编辑

由加州大学河滨分校的专家领导的一个研究小组开发了一种计算方法用于分析我的大量数据集的Nal工作流药物组学,研究在细胞、生物体液、组织和整个生态系统中发现的微小化学物质。

该小组最近使用这种新的计算技术来检查南加州海水中发现的污染物。该小组迅速确定了可能的污染源,并记录了沿海栖息地的化学特征。

Petras等人在《自然协议》杂志上解释说,他们的程序是为新手和专家研究人员设计的,使其成为学生和科学家在职业生涯早期阶段的宝贵工具。

除了这种计算方法之外,图形用户界面web应用程序使代谢组学数据分析对非专家来说非常友好,允许用户在几分钟内获得对其数据的统计见解。

根据佩特拉斯的说法,这份研究报告很特别,因为它是一个庞大的教学资源,由一个名为虚拟多组学实验室(virtual Multiomics Lab,简称VMOL)的虚拟研究小组收集。VMOL是一个由50多名科学家组成的国际社区,是一个开放获取和社区驱动的社区。

它试图使化学分析更加平易近人和民主,以便来自世界各地的研究人员可以使用它,无论他们的资源或背景如何。

这个组织创造了所有免费的开源软件。2022年,该团队成立了VMOL,并在 宾根大学(University of bingen)的暑期课程期间开始了软件开发,重点是非靶向代谢组学。

佩特拉斯预计,在微生物组科学领域进行临床研究的科学家、生物医学研究人员和环境研究人员将发现这种方法的特殊价值。

他说:“我们的方案的多功能性扩展到广泛的领域和样品类型,包括组合化学,兴奋剂分析,以及食品,药品和其他工业产品的微量污染。”

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