2024-11-03 16:03来源:本站编辑
CRISPR-Cas9可以优雅而精确地切割任何想要的DNA区域,长期以来一直被比作一种遗传剪刀。
然而,事实证明,CRISPR系统有多种策略可供选择。某些单细胞生物自然地使用CRISPR,这种技术首先在细菌中被发现,它已经作为一种适应性免疫系统发挥了几代人的作用,以保护自己免受病毒(也称为噬菌体)和其他外来基因片段的侵害。
由Dinshaw Patel领导的MSKCC结构生物学实验室和由Luciano Marraffini领导的Rockefeller细菌学实验室的研究人员现在已经弄清楚了CRISPR系统是如何在基因剪刀之外,作为一种分子熏烟器来对抗入侵者的。
根据最近发表在《细胞》杂志上的一项研究,这种被称为CRISPR-Cas10的机制用有害化学物质轰击病毒感染的细胞,阻止病毒传播到其他细菌种群。
CRISPR(或称“有规则间隔的短回文重复序列集群”)系统有六种变体。例如,CRISPR-Cas9是II型,使用Cas9酶作为DNA剪刀。在目前的研究中,研究人员检查了一种称为CRISPR-Cas10的III型系统。
在这两种系统中,当引导rna识别出有缺陷的基因组物质时,酶就开始剪切。但是CRISPR-Cas10复合体也会产生环状低聚腺苷酸(cOAs),这是一种微小的第二信使分子,有助于阻止细胞活动并防止病毒传播。
第二种方法就像对一个有害虫的房间进行熏蒸,然后迅速封上门来控制虫害,防止它蔓延到整个房子。
根据巴卡的说法,这种分为两部分的反应主要取决于时机。
尽管已经知道了这么多,但对于CRISPR相关腺苷脱氨酶1 (Cad1)(一种新型III型CRISPR蛋白)导致细胞关闭的精确机制背后的分子动力学却一无所知。
利用冷冻电镜和其他尖端技术,研究人员对Cad1进行了彻底的分子和结构研究,发现了解释该系统如何停止细胞活动的奇怪结构和动力学。
在CRISPR-Cas10系统中,coa与蛋白质的CARF结构域的结合会提醒Cad1病毒的存在。在Cad1被刺激将细胞的能量货币ATP转化为ITP后,细胞随后充满ITP,这是一种通常以微量水平存在的中间核苷酸。高浓度的ITP会使细胞变得有毒,从而停止细胞活动,使细胞处于休眠状态。
帕特尔实验室的博士后研究学者、共同第一作者Puja Majumder说:“当病毒被隔离在其中时,被感染的细胞被牺牲了,但更大的细菌群得到了保护。”
目前还不清楚它为什么会有这种效果。一种解释是,过多的ITP干扰了噬菌体DNA的复制,而另一种解释是,ITP会竞争ATP或GTP通常占据的蛋白质结合位点。
“但我们还不知道真正的原因,”马祖德说。
根据Baca的说法,他们的发现的一个可能用途是作为感染诊断工具。“ITP的存在表明样本中存在病原体转录物。”